국내 상장주식을 팔면 세금이 두 갈래로 따라온다. 하나는 판 금액에 매기는 증권거래세이다. 다른 하나는 사고판 차이에서 남은 돈에 매기는 양도소득세이다.

앞의 것은 판 사람 모두에게 붙는다. 뒤의 것은 세법이 대주주로 분류한 사람에게만 붙는다.¹ 증권시장 안에서 판 경우가 그렇다. 증권시장 밖에서 판 경우에는 대주주가 아니어도 양도소득세를 낸다.

판 금액에 매기는 세금과 남은 차익에 매기는 세금은 성격이 다르다

증권거래세는 판 금액 전부에 매긴다.² 손실을 보고 팔아도 낸다. 양도소득세는 남은 차익에 매긴다. 손실이면 낼 것이 없다.

내는 방식도 다르다. 증권시장 안에서 판 경우 증권거래세를 신고하고 내는 쪽은 판 사람이 아니라 한국예탁결제원이다.³ 판 사람은 매도 대금에서 빠져나간 금액으로 그 사실을 확인한다. 양도소득세는 판 사람이 직접 신고한다.⁴

세법이 말하는 대주주는 회사를 지배하는 사람이 아니다

대주주는 세법이 양도소득세를 매길 대상을 고르려고 만든 구분이다. 유가증권시장 상장주식은 한 종목 지분 1% 이상이거나 보유액 50억원 이상이면 대주주이다. 코스닥시장은 2% 또는 50억원, 코넥스시장은 4% 또는 50억원이다.⁵ 이 값은 법률이 아니라 시행령에 적혀 있다.

지분율 기준은 큰 회사에서는 닿기 어렵다. 실제로 일반 투자자를 가르는 것은 금액 기준이다. 그리고 그 금액은 판 날의 보유액이 아니라 직전 사업연도 마지막 날 종가로 잰다.⁶

이 보고서는 기준의 값이 아니라 기준을 정하는 자리를 묻는다

50억원이 높은지 낮은지를 다투는 글은 이미 많다. 이 보고서는 그 다툼에 끼지 않다. 대신 그 숫자가 어느 문서에 적혀 있고 누가 고칠 수 있는지를 본다. 같은 조건에서 두 사람의 세부담이 얼마나 벌어지는지는 3장에서 직접 계산했다.

이 갈림은 아주 적은 사람에게만 생기는 일로 보이기 쉽다. 그런데 갈림을 만드는 규칙은 주식을 가진 사람 모두에게 걸려 있다. 한 종목에 담은 금액이 늘면 어느 해에는 이 규칙 안으로 들어간다. 판정에 쓰는 값과 그 시점을 모르면 확인할 때를 놓친다.

2025년에 국세로 걷은 돈은 373조 9,000억원이다. 2024년보다 37조 4,000억원 많다.⁷ 이 가운데 증권거래세는 전년보다 1조 3,000억원 줄었다. 재정경제부는 줄어든 이유로 세율 인하를 들었다.

같은 해 양도소득세는 3조 2,000억원 늘었다. 재정경제부는 늘어난 이유로 해외주식을 들었다. 국내 상장주식 몫이 얼마인지는 이 발표에 나오지 않다.

2026년 들어서는 방향이 뒤집혔다. 1월부터 7월까지 걷힌 증권거래세는 8조 2,000억원이다. 지난해 같은 기간보다 6조 4,000억원 많다.⁸

정부는 거래대금이 늘었고 세율이 되돌아온 영향이라고 설명했다. 같은 기간 국세수입 전체는 274조원으로 지난해보다 41조 4,000억원 늘었다. 세율을 0에서 0.05%로 되돌린 결정이 한 해 만에 세수로 나타난 셈이다.

세율을 정한 것은 법률이지만 실제로 걷는 값은 시행령이 정한다

증권거래세의 법률상 세율은 1만분의 35, 곧 0.35%이다. 그런데 같은 법률이 예외를 이어 붙였다. 자본시장을 키우려고 급히 필요할 때이다. 그때는 시장에서 거래되는 주식에 한해 대통령령으로 세율을 낮추거나 영으로 할 수 있다.⁹

그래서 실제로 걷는 세율은 법률이 아니라 시행령에 적혀 있다. 2026년 9월 현재 유가증권시장은 0.05%, 코넥스시장은 0.10%이다. 코스닥시장과 금융투자협회를 거친 매매는 0.20%이다.¹⁰ 유가증권시장에서 판 경우에는 여기에 농어촌특별세 0.15%가 따로 붙는다.¹¹

대주주 기준 금액도 같은 자리에서 네 번 낮아졌다가 한 번에 되돌아갔다

양도소득세를 낼 사람을 고르는 금액 기준도 시행령에 있다. 2000년 한 종목 보유액 100억원에서 시작해 네 번 낮아졌고, 2024년에 다시 50억원으로 올라갔다.¹²

기준이 낮아지면 대상자가 늘고, 올라가면 줄어든다. 2023년 12월 기획재정부는 시행령을 고쳐 기준을 10억원에서 50억원으로 올린다고 알렸다. 그러면서 그해 말 보유액이 50억원에 못 미치면 다음 해 양도차익에 세금이 붙지 않는다고 밝혔다.¹³

미국 국세청은 자산을 판 차익을 모든 납세자에게 물린다. 보유 기간이 1년을 넘으면 세율이 0%, 15%, 20% 가운데 하나로 정해진다. 어느 구간에 들어가는지는 소득 규모로 갈린다. 지분율이나 보유 금액으로 대상자를 나누지 않다.¹⁵

일본 국세청도 상장주식과 그 밖의 주식으로만 나눈다. 세율은 20%이고 여기에 부흥특별소득세가 더 붙는다.¹⁶

기준을 낮추겠다는 발표와 유지하겠다는 발표 사이는 45일이었다

2025년 8월 1일 기획재정부가 세제개편안을 알렸다. 대주주 기준을 종목당 50억원에서 10억원으로 낮추겠다고 밝혔다. 같은 자료에는 증권거래세율 인상도 들어 있다. 유가증권시장은 0%에서 0.05%로, 코스닥시장은 0.15%에서 0.20%로 올리겠다고 했다.¹⁷

45일 뒤인 9월 15일 기획재정부는 대주주 기준을 현행대로 50억원으로 유지한다고 밝혔다. 발표 문구에는 자본시장 활성화에 대한 국민적 열망을 고려했다는 설명이 들어 있다.¹⁸

두 사안의 결말은 갈렸다. 거래세율 인상은 예정대로 시행령을 고쳐 2026년 1월 1일 판 것부터 적용됐다. 대주주 기준 인하는 시행령을 고치기 전에 접혔다. 두 번 다 국회 의결은 없었다.

판정이 하루에 걸리면 그 하루 전에 파는 유인이 생긴다

대주주인지 아닌지는 직전 사업연도 마지막 날 종가로 잰 보유액으로 정한다.⁶ 12월 결산 회사라면 12월 마지막 거래일 하루이다. 그날 기준을 넘으면 다음 해에 판 차익에 세금이 붙는다.

규칙이 이렇게 짜이면 기준을 넘지 않으려는 사람은 그날 전에 일부를 팔면 된다. 규칙이 특정 시점에 파는 유인을 만드는 구조이다. 다만 실제로 그런 매도가 얼마나 있었는지는 확인하지 못했다.¹⁹

그날 이후에 새로 사서 지분율 기준을 넘긴 경우에는 그 취득일부터 대주주로 본다.²⁰ 다만 이 규정은 지분율 기준에만 걸린다. 보유 금액으로 갈리는 사람에게는 연말 하루가 그대로 남는다.

기준 금액은 스물여섯 해 동안 다섯 번 바뀌었다

금액 기준이 걸어온 길은 <표 2>에, 거래세율이 걸어온 길은 <표 1>에 있다. 두 값을 고친 문서는 모두 대통령령이다.

같은 구조가 두 번 반복됐다. 값을 낮추는 동안에는 여러 해에 걸쳐 조금씩 움직였고, 되돌릴 때는 한 번에 움직였다.

지금은 세율만 법률에 있고 대상자는 시행령에 있다

양도소득세를 매길 대상의 큰 틀과 세율은 법률에 있다. 대주주가 판 주식에 세금을 매긴다는 문장과 세율표가 그렇다.²¹ 양도차익에서 해마다 250만원을 빼 준다는 기본공제도 법률에 있다.²²

그런데 누가 대주주인지는 법률이 정하지 않다. 법률은 소유 주식의 비율과 시가총액 등을 고려해 대통령령으로 정한다고 적어 두었다.¹ 증권거래세도 같다. 법률이 0.35%를 정해 두고 낮추는 일은 대통령령에 넘겼다.

세금을 얼마나 매길지는 국회가 정하고, 그 세금을 누구에게 매길지는 정부가 정하는 구조이다. 값을 바꾸는 데 걸리는 시간이 두 자리에서 서로 다르다.

이 제도가 가르는 두 무리는 크기 차이가 크다. 한국예탁결제원은 2025년 12월 결산 기준 집계를 2026년 3월 알렸다. 상장법인 주식을 가진 사람은 1,456만 명이고, 이 가운데 개인이 1,442만 명으로 99.1%이다.²⁵

대주주로 상장주식 양도소득세를 신고한 사람은 2023년 귀속 기준 3,359명이다. 국회 기획재정위원회가 국세청에서 받은 자료이다.²⁶

신고 인원은 해마다 크게 흔들렸고 1인당 차익은 2020년 뒤로 계속 늘었다

같은 자료의 연도별 값은 이렇다. 2019년 3,022명, 2020년 6,045명, 2021년 7,045명이다. 2022년은 3,373명, 2023년은 3,359명이다. 2020년과 2021년에 사람 수가 두 배를 넘었다가 다시 줄었다.

1인당 평균 양도차익은 2019년 14억 5,500만원에서 2023년 28억 1,900만원으로 늘었다. 2023년 신고 세액은 모두 2조 2,000억원이고 1인당 평균은 6억 6,300만원이다.

이 다섯 해 동안 대상자를 가르는 금액 기준은 2019년 15억원, 2020년부터 2023년까지 10억원이었다. 기준이 50억원으로 올라간 것은 그다음 해인 2024년에 판 것부터이다. 그래서 지금 공개된 값에는 기준을 올린 뒤의 모습이 아직 들어 있지 않다.

다만 이 값은 신고한 사람만 센 것이다. 대주주에 해당하는데 신고하지 않은 사람이 얼마나 되는지는 공개된 자료에서 확인하지 못했다.²⁷

시장을 바꿔도 판 금액에 매기는 세금은 갈리지 않다

10억원어치를 팔면 유가증권시장과 코스닥시장은 둘 다 200만원, 코넥스시장은 100만원이다. 대주주를 가르는 금액 기준은 세 시장이 모두 50억원으로 같고, 지분율 기준만 1%, 2%, 4%로 다르다. 시가총액이 작은 시장일수록 지분율 문턱을 높여 두었다.

이 제도가 아직 다루지 않는 자리가 넷 있다. 손실을 보고 판 사람과, 자신이 대상인지 미리 알기 어려운 사람이다. 뒤늦게 공개되는 통계와, 시장에 따라 세부담이 갈리는 근거도 그렇다.

판 금액에 매기는 세금은 손익을 보지 않다

증권거래세의 과세표준은 판 금액이다.² 이 값은 법률에 적혀 있고, 손실이 났는지 이익이 났는지를 묻지 않다. 유가증권시장에서 10억원어치를 팔아 2억원을 잃은 사람도 200만원을 낸다. 잃은 돈의 1.00%에 해당하고, 같은 조건에서 4억원이 남은 사람이 내는 금액과 같다. 손실을 다음 해로 넘기는 장치도 상장주식을 판 개인에게는 닿지 않다. 대주주가 아니면 애초에 차익에 세금이 붙지 않으므로 손실을 적어 낼 자리도 없다. 미국 국세청은 순손실을 해마다 3,000달러까지 다른 소득에서 빼 주고 남는 손실은 다음 해로 넘긴다.¹⁵

자신이 대상인지 미리 알려 주는 규정을 확인하지 못했다

대주주 여부는 12월 마지막 거래일의 종가로 갈린다. 그날이 지나야 확정되고, 그때는 이미 바꿀 수 없다. 그런데 이 판정 결과를 본인에게 미리 알리도록 정한 규정은 확인하지 못했다.³⁰ 없다고 단정하지는 않다. 그래서 판정에 필요한 계산은 본인이 한다. 종목별 보유 수량에 그날 종가를 곱하고, 가족 보유분이 합쳐지는 경우인지도 스스로 따져야 한다.

대상자가 누구인지 보여 주는 통계는 3년 늦게 공개된다

지금 공개된 가장 최근 값은 2023년 귀속분이다. 2024년과 2025년 귀속 신고 인원과 세액은 확인하지 못했다.²⁷ 그사이 증권거래세율은 세 번 바뀌었고 대주주 기준 금액도 한 번 바뀌었다. 구분도 성기다. 신고자가 어느 시장 주식을 팔았는지는 공개된 자료에서 확인하지 못했다. 나이와 지역이 어떻게 갈리는지도 마찬가지이다.³¹ 대주주 기준을 낮출지 말지를 다투는 동안 그 판단의 근거가 될 분포는 밖에 나와 있지 않았다.

시장에 따라 갈리는 세부담의 근거는 조문에 적혀 있지 않다

같은 10억원을 팔아도 시장에 따라 세부담이 0.10%p 갈린다. 시행령은 시장별 세율을 적어 둘 뿐 그 차이의 이유를 적지 않다. 2019년 개정 때는 코넥스시장 세율을 0.30%에서 0.10%로 한 번에 내렸고 다른 시장은 조금씩 내렸다. 그 뒤로 코넥스시장 세율은 일곱 해 동안 그대로이다. 시행령을 고칠 때 붙는 개정이유에는 어느 시장 세율을 얼마로 바꾼다는 문장만 있다. 그 폭을 그렇게 정한 근거는 적혀 있지 않다. 값을 따져 볼 자료가 밖에 없으면 다음에 바꿀 때도 같은 일이 되풀이된다.

이 사안에서 바꿀 수 있는 것은 여섯 갈래이다. 어느 갈래를 고르느냐에 따라 누가 손을 대는지, 얼마나 걸리는지, 얼마나 쉽게 되돌아가는지가 달라진다.

읽는 사람이 할 일

먼저 자신이 이 규칙 안에 있는지부터 가른다. 한 종목에 큰 금액을 담았거나 증권시장 밖에서 팔았다면 신고 대상인지 확인해야 한다. 확인은 판 뒤가 아니라 12월 안에 하는 편이 낫다. 판정에 쓰는 값이 그해 마지막 거래일의 종가이기 때문이다.

금융회사가 할 일

증권회사는 고객의 종목별 보유액을 이미 갖고 있다. 12월 마지막 거래일 종가로 잰 종목별 금액을 잔고 화면에 한 줄로 보여 주는 일은 새 자료를 모으지 않고도 된다. 대주주 판정에 가족 보유분이 합쳐지는 경우가 있다는 안내도 같은 화면에 둘 수 있다. 이 일의 근거는 법률이 아니라 자율규제나 회사의 서비스 약관에 있다. 그래서 당국의 개정을 기다리지 않고도 시작할 수 있다. 다만 회사가 가진 정보만으로는 다른 회사 계좌의 보유분과 가족 보유분을 알 수 없다. 화면의 값이 최종 판정이 아니라는 점을 함께 밝혀야 한다.

당국이 할 일

연구소는 두 가지를 먼저 볼 자리로 본다. 하나는 판정 시점이다. 이 값은 시행령에 있으므로 국회를 거치지 않고 고칠 수 있다. 연중 평균 보유액이나 판 날 기준으로 바꾸면 하루에 몰리는 매도 유인이 줄어든다. 다른 하나는 기준 금액이 있는 자리이다. 금액을 법률에 옮기면 바꾸는 데 시간이 더 걸리지만 값이 흔들리는 일은 줄어든다. 어느 쪽이 나은지는 국회와 정부가 판단할 몫이고, 이 보고서는 그 선택이 어느 층위에 있는지를 밝힌다.

아직 정해지지 않은 것

대주주 기준 금액을 다시 손볼지는 정해지지 않았다. 정부는 2025년 8월 낮추겠다고 밝혔다가 9월 유지로 되돌렸고, 그 뒤 시행령 문언은 50억원 그대로이다. 판정 시점을 바꾸는 논의도 공개된 자료에서 확인하지 못했다. 이 사안이 어느 쪽으로 가는지는 두 자리를 보면 알 수 있다. 해마다 7월 말에서 8월 초에 나오는 재정경제부 세제개편안이 첫째 자리이다. 그해 말 국가법령정보센터에 오르는 소득세법 시행령 개정 문언이 둘째 자리이다. 시행령 문언이 바뀌면 그 값은 다음 해 판 것부터 적용된다.